11月20日(日)東都スタジアム。 少年探偵団や灰原と一緒に江戸川コナンは、サッカー観戦を楽しんでいた。一方、同時刻。突如、毛利探偵事務所に大規模爆破を予告する電話がかかってきた！これは、ゲームやブラフではない。小五郎を挑発するかのように、目の前で路上の自動車が爆発する！！ 阻止する方法は、ただ一つ。犯人が残した謎の暗号を解読することだ！

爆弾はどこにしかけられたのか？
目暮警部とともに小五郎と蘭は、米花市内を駆け廻るが、暗号に翻弄され一向に手掛かりは見つからない。
残された時間は、45分！
追い詰められた蘭からの電話で爆破予告のことを知ったコナン（新一）は、独り暗号解読に乗り出す・・・。
果たして、暗号は解読出来るのか？絶望的な状況に追い込まれても、事件の解決をあきらめないコナンだが爆風の中、犯人を取り逃してしまう・・・。

容疑者は、サッカー選手、サポーター、クラブオーナー、マスコミ業界・・・。サッカー界とは関連が深い面々だ・・・。計画性を犯人が持っていると推理したコナンは、次の爆破を阻止するために単独捜査に乗り出す。
手掛かりは見つけられずに捜査は難航するが、再び小五郎の下に挑戦状が届く！！
12月「Ｘデイ」。
次のターゲットはどこなのか？果たして誰なのか？犯人はなぜ、小五郎を狙うのか？挑戦状に隠された暗号解読にコナンは成功するが､同時に「あること」を知る。
それは、この事件に仕掛けれた恐るべき陰謀であった！

パニック！
ニッポン中を巻き込む
超劇場型計画犯罪！

最後の希望は、
新一を信じる蘭の想い。