幼馴染の蘭とデート中に、高校生探偵の工藤新一は怪しい「黒ずくめの男たち」を見かける。一人で尾行し闇取引の現場をおさえるが、一味の一人に襲われて毒薬を投与されてしまう。

一命を取りとめたものの、目が覚めると少年の姿になっていた・・・!!
阿笠博士の協力を得て素性を隠し、蘭の父であり迷探偵（！？）の毛利小五郎宅に居候しながら、いつの日か「黒ずくめの男たち」を追い詰めるべく、今日も世の難事件に立ち向かう!!

サッカーは大の得意。そのテクニックでこれまで幾度も危険を乗り越え、事件を解決してきた。