新一宛に建築家の森谷からパーティーの招待状が届く。
コナンの姿では一人で出席できないため、蘭と小五郎に代理出席を頼み、同行することに。その数日後、街で連続放火事件が発生。犯人から新一に挑戦状がつきつけられる。

目暮警部がジョギング中にボウガンで撃たれる事件が発生！
翌日には、蘭の母・妃英理が毒入りのチョコレートで命を狙われ、さらにはコナンの目の前で阿笠博士が襲われた！
現場に遺された３つの物品から、ある共通点が浮かび上がってくる……。

華麗なマジックで警察を翻弄し、世界中の財宝を盗み出す怪盗キッド。彼の次なる狙いは、大阪で発見されたロマノフ王朝の秘宝「メモリーズエッグ」だ。
エッグの保護依頼を受けた小五郎に同行し、コナンは大阪へと向かう。

夏休みのある日、コナンの目の前で警察官が射殺される事件が起きた。
その後も同じ手口で現職の警察官が殺される事件が連発。
だが、警視庁は事件の詳細を話そうとしない。極秘捜査が進められる中、蘭が事件に巻き込まれてしまう。

小五郎の後輩である常磐美緒が所有する、西多摩氏に新設された超高層型ツインタワー。オープンパーティーを控えたこのビルで、
ある夜殺人事件が起こる。黒ずくめの組織の影がちらつく中、警察の忠告を無視して、予定通りパーティーは行われたが…。

米花シティホールで開かれた体感シミュレーションゲーム・コクーンの発表会で、開発責任者の樫村が殺害された。
ダイイング・メッセージから事件を解く鍵はゲームの中にあると気づいたコナンは、バーチャルゲームに挑戦する！

山能寺から盗まれた秘仏を探して欲しいという依頼を受けた小五郎とともに、京都を訪れたコナンたち。
その頃、東京、大阪、京都では、古美術品専門の窃盗団「源氏蛍」のメンバーが次々に殺害される奇妙な事件が起こっていた。

舞台女優・牧樹里のもとに、怪盗キッドから宝石「スター・サファイア」を盗み出すという予告状が届く。牧に宝石保護の依頼を受けた小五郎は、予告状からキッドが舞台公演中に現れると推理。
コナンも劇場でキッドを待ち伏せる…。

園子のはからいで豪華客船・アフロディーテ号の処女航海に招待されたコナンたち。だが、船内で船のオーナーである八代グループの会長とその娘が殺害される事件が発生！
過去に起きた沈没事故との関係が浮かび上がる……。

横浜のホテルへやって来たコナンと小五郎は、姿を見せない謎の依頼主から、１２時間以内にとある事件の解決を挑まれる。
もし解決できなければ人質に取られた蘭たちの命が危ない。
コナンはヒントを頼りに動きだす！

神海島にバカンスで訪れたコナンたち。
そこには、海賊が隠した財宝を狙うトレジャーハンターたちの姿があった。そんな中、ハンターのひとりがサメに襲われて死亡。
事件の匂いを感じたコナンは調査を始める。

都内で同じ音楽アカデミーの出身者を狙った連続殺人事件が発生。
そんな時、園子の伝手でアカデミーが新設したホールの記念公演に招待されたコナンたちは、そのリハーサルで、次に命を狙われる可能性のある歌手、秋庭怜子に出会う。

関東近郊で６件の殺人事件が発生。いずれの現場も被害者のそばに麻雀牌が残されており、警察は広域連続殺人事件とみて捜査を始める。
小五郎が出席する捜査会議について来たコナンは、そこで黒ずくめの組織の車を目撃する。

鈴木財閥相談役の鈴木次郎吉が今回怪盗キッドに叩きつけた挑戦状は、世界最大の飛行船・ベル・ツリー�T世号に納めた宝石を盗んでみろという内容だった。
次郎吉の招待で飛行船に乗ったコナンたちは、ハイジャック事件に巻き込まれてしまう。

再選を果たした朝倉都知事のもとへ謎の脅迫状が届き、開通させたばかりの都営地下鉄のトンネルが爆破！
コナンの活躍によって大惨事は免れたが、この事件には知事が過去に行った新潟県のダム建設事業が関係しているようで……。

阿笠博士に連れられテレビ局主催のサッカー教室へやって来たコナンたち。
その頃、小五郎のもとには、街に爆弾を仕掛けたという脅迫電話が！
蘭の連絡で脅迫犯からの暗号を解読したコナンは、爆弾の設置場所に驚愕する。

海上自衛隊イージス艦の体験航海のため、舞鶴へやって来たコナンたち。一般見学者も乗った艦内で、隊員の遺体の一部が発見された。
捜査に乗り出したコナンと小五郎は、海上自衛官たちが何かを隠そうとしている様子に気づく

鈴木財閥が建設したベルツリータワーのオープニングセレモニーに訪れたコナンたちの間近で、狙撃事件が発生！
コナンは現場に居合わせた世良とともに犯人を追う。
激しい逃走劇の末、犯人は海の中へと消え去るが…。

かつて日本で焼失したはずのゴッホの名画・芦屋のひまわりがNYのオークションに出品。そのひまわりを狙って出現したのが怪盗キッド！
宝石専門の彼が執拗にひまわりを狙うのはなぜ？
人類の至宝をめぐり交錯するキッドの真意とコナンの推理。